曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。                                                                    　　被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但老成,稳重,老练,练达体贴的大黄蜂（山本渴望,期望,盼望,企望 配音），个性好强但心地善意,良善,仁慈,慈善的哈曼（伊藤明日香 配音），面临,直面,应对,应付动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会出现,产生,形成,酿成怎样的故事呢？